探索空间转录组学
了解组织生物学中发生的复杂相互作用有赖于深入了解细胞相对于彼此的位置背景。虽然体细胞测序和单细胞测序可以同时对多个细胞进行转录组学分析，但这些方法需要破坏完整的组织以获取单个细胞并对其进行分类，因此无法在全面描述细胞特征的同时了解其在组织中的确切排列。位于马萨诸塞州剑桥市的空间转录组学公司 Vizgen 正在利用 MERSCOPE® 平台应对这一挑战，该平台是首个结合单细胞和空间基因组学分析的商业化高复用、高分辨率原位解决方案。该创新系统由 MERFISH（多路复用误差稳健荧光原位杂交）技术提供支持，采用原位空间转录组学技术，以单细胞分辨率和组织位置为背景对数百种基因进行量化。
提高灵敏度和特异性的多重分析能力
MERFISH技术和MERSCOPE平台的多功能性使研究人员能够以高特异性和高灵敏度研究大量基因靶标（目前多达500个）。巧妙设计的防错条形码可以有效区分靶标，并在发现读出错误时及时纠正。全球仪器产品经理罗伯特-马西斯（Robert Mathis）介绍了它的潜在用途： ""这项技术有许多应用，包括细胞图谱绘制，研究人员旨在确定正常组织和病变组织中基因表达的特征。它能让研究人员了解在不同的细胞和疾病状态下，哪些基因表达网络活跃和不活跃，哪些基因表达网络上调和下调。我们已经在各种应用中展示了这种方法的价值和灵活性，包括鉴定小鼠大脑的分子均一性和阐明肿瘤微环境1,2，而该领域的其他研究人员也在神经学、肿瘤学、免疫学、传染病学等学科发表了论文。
获取成功
MERSCOPE 工作流程与单分子 FISH 相似。组织样本切片后放置在专有的 MERSCOPE 载玻片上--这是一种类似于盖玻片的载玻片，旨在提供最佳的光学清晰度。工作流程的操作顺序因样本类型（新鲜冷冻样本、细胞培养样本或 FFPE 样本）而略有不同，但主要步骤都是一样的：切片、杂交、凝胶包埋和清除，然后进行 MERFISH 成像。清除过程包括消化掉组织成分，以减少背景自发荧光，同时保留转录本。这是我们技术的独特之处，较低的背景荧光可支持目标转录本的稳健检测。
样品制备完成后，载玻片被装入 MERSCOPE 仪器的流动室，系统自动完成整个成像和分析过程，包括与报告探针的循环杂交。用户会看到一个低倍（10 倍）的概览，显示整个组织切片的马赛克，用户可以从中选择特定区域或整个组织进行成像。成像总面积可达一平方厘米--既可以是一个连续的区域，也可以是不同的区域，然后对数据进行自动细胞分割和转录本分析。样本制备工作流程一般需要三到四天，其中大部分时间是培养；实际操作时间大概为三到四小时。成像时间约为 24 到 30 个小时，具体取决于面板的大小，另外还有 24 到 30 个小时的分析时间。在完成上一次运行分析的同时，将下一个要成像的样本装载到平台上，可以最大限度地提高吞吐量。
值得信赖的泵送技术
任何自动化液体处理系统的成功都取决于可靠、准确和精确的泵送技术，Vizgen 选择了 Cavro® XCalibur (XC) 泵来完成这一任务。工程经理 Shawn Wang 解释说： ”Cavro XC 泵是 MERSCOPE 流体系统的核心，它将试剂盒中的液体抽入流体室，然后排出。它通常用于在每个阶段移动从几十微升到几毫升的液体，并在流体步骤之间进行成像。”
”在为 MERSCOPE 选择泵时，我们追求的是精度和可重复性，并希望与可信的 OEM 供应商（如 Tecan）合作。Cavro XC 泵是主要供应商中少数几个符合我们规格要求的选择之一，而且我们的员工也与 Tecan 有着良好的合作关系，对其产品有着积极的评价。Tecan 的应用编程接口和程序库提供了我们所需的一切，可直接完全集成到 MERSCOPE 中，而且我们知道该泵将提供我们所需的可靠性。”
要了解有关 Tecan OEM 液体处理组件的更多信息，请访问 www.tecan.com/cavro
有关 Vizgen 的更多信息，请访问www.vizgen.com
